नीति अनुसन्धान प्रतिष्ठानको अनुसन्धान सम्बन्धी कार्यादेश व्यापक भएकाले अनुसन्धान विषय तथा क्षेत्रहरूलाई निम्नानुसारका विधागत केन्द्रहरू र इकाईहरूमा संगठित गरिएको छ:

केन्द्र १: आर्थिक तथा पूर्वाधार विकास नीति अध्ययन केन्द्र

इकाईहरू :

१.१ आर्थिक विकास इकाई

१.२ वाणिज्य, वित्तीय तथा मौद्रिक नीति इकाई

१.३ पूर्वाधार विकास इकाई

केन्द्र २: शासकीय प्रबन्ध, सङ्घीयता तथा सामाजिक मामिला नीति अध्ययन केन्द्र

इकाईहरू :

२.१ शासकीय प्रबन्ध इकाई

२.२ सार्वजनिक सेवाप्रवाह इकाई

२.३ सङ्घीय मामिला इकाई

२.४ कानुनी मामिला इकाई

२.५ सार्वजनिक संस्था इकाई

२.६ शिक्षा, स्वास्थ्य, समाज कल्याण तथा सामाजिक सुरक्षा इकाई

केन्द्र ३: परराष्ट्र तथा रणनीतिक मामिला नीति अध्ययन केन्द्र

इकाईहरू :

४.१ अन्तर्राष्ट्रिय सम्बन्ध, कूटनीति तथा रणनीतिक मामिला इकाई

४.२ राष्ट्रिय हित, राष्ट्रिय सुरक्षा तथा सुरक्षा निकाय/संयन्त्र

४.३ मानव अधिकार र अन्तर्राष्ट्रिय सन्धि-सम्झौता इकाई

केन्द्र ४: विज्ञान, प्रविधि र प्राकृतिक स्रोत नीति अध्ययन केन्द्र

इकाईहरू :

५.१ कृषि, वन तथा प्राकृतिक स्रोत इकाई

५.२ पर्यावरण, वातावरण र जलवायु परिवर्तन इकाई

५.३ विज्ञान, प्रविधि र नवप्रवर्तन इकाई

५.४ सूचना प्रविधि तथा कृत्रिम बौद्धिकता (artificial intelligence)